Las estalactitas, las estalagmitas, las coladas calizas y los lagos cristalizados que representan el componente más hermoso de las grutas, son la expresión final del largo trabajo desarrollado por el agua pluvial en la roca. En efecto, si la caliza está fisurada, el agua de precipitación meteórica que penetra a través de la superficie del terreno circula en el interior de las rocas siguiendo las fisuras, porque en el agua está siempre presente una cierta cantidad de CO2, la caliza es parcialmente disuelta y las fisuras se ensanchan donde la circulación del agua es mayor. La caliza maciza, en la zona de Frasassi, está ampliamente recubierta por terrenos impermeables y semipermeables (Monte Valmontagnana); el agua pluvial no se infiltra uniformemente en la zona sino a lo largo de las capas y a lo largo de las fracturas: aquí transforma el carbonato de calcio de la roca en bicarbonato de calcio, que es soluble. En el interior de la gruta, el proceso químico tiende a invertirse: el goteo continuo causa la cesión del anhídrido carbónico desde el agua al aire, el bicarbonato, cedido al CO2, pasa a ser insoluble y se deposita produciendo concreciones espléndidas; en la bóveda de las salas se forman espléndidos depósitos cálcicos llamados “estalactitas”, nacidas de un pequeño cilindro de calcita hueca en el interior de la cual inicialmente, pasaba la gota, después han crecido enormemente con el deslavado externo.

Las concreciones en la base de las salas se llaman “estalagmitas” que son el resultado del impacto de las gotas en el terreno. Éstas presentan varias formas que no siempre son compactas. En la Gruta grande del viento, dada la inmensidad de los ambientes, por el notable recorrido realizado por el goteo que cae de la bóveda, el agua está mucho más saturada y además de depositar carbonato de calcio en el punto de impacto, incrusta radialmente el área circundante. Este mecanismo ha permitido la formación de estalagmitas gigantes (el grupo de los gigantes, el castillo, el obelisco) que tienden a crecer y a ensancharse radialmente porque poco a poco capturan el goteo más externo. Cuando las concreciones con el pasar del tiempo aumentan enormemente, pueden unirse para formar columnas de formas y colores muy diferentes. El agua puede descolorar la roca (entonces se podrán formar coladas calizas) o puede estancarse y formar lagos que tienden a saturarse y recubrirse con cristal drusa. En la Gruta grande del viento extensos depósitos de yeso se disuelven por el goteo continuo en los planos superiores. De consecuencia, el agua de percolación, perdido el CO2 y cargada de sal de carbonato de calcio, disolviendo el yeso presente en las salas superiores, se encuentra excepcionalmente sobresaturada y cuela cristalizando con calcita purísima en lagos casi horizontales. Esta particularidad se presenta en las concreciones de los Gigantes y en el lago cristalizado (Abismo Ancona) en el Cañón y en la sala de las velitas. Por último, en la parte más remota del complejo cársico, las paredes están recubiertas de una tupida red de vermiculaciones arcillosas, denominadas “pelos de leopardo” por su particular morfología.